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個人的には大きな違いはないと思います。ただ、感性の問題で「本染めの応援旗」の方がいいという方もいれば、「昇華転写捺染の応援旗」の方がいい という方もいらっしゃるかも知れません。
強いて上げるとすれば、「本染め」の方がベタッと色がのっている分、どちらかと言えば発色はいいと思います。ただその分、どうしても（小さな）文字がにじみがちになります。
その点「昇華転写捺染」の方が、柄の際（キワ）も小さい文字もくっきりと出ます。

このように見た目には、さほど大きな違いはありませんが、当社が「昇華転写捺染」をお勧めする理由は、三つあります。
一つは、従来の「本染め」では製作出来なかったフルカラー（写真や画像入り）の応援旗や、2色以上になると高くなっていた多色ものが手軽に、お安く（すべて同じお値段で）出来ること。

二つ目。本染めは、色数だけでなく柄によっても値段が変わってくるため、正確な値段を知ろうと思えば、いちいち応援旗の柄を業者に送らなければならないばかりか、複雑な柄だと製作できない場合もあるので、結局「本染め」では1色の簡単なものに妥協せざるを得ない。一方の昇華転写捺染は、デザインの制約がなくどんな柄でも同じ値段で製作出来るため、応援旗の縦横の寸法がわかればお値段がすぐに出せますから、「本染め」のようにお客様が詳しく柄を伝える必要も全くない。

三つ目。本染めでは1〜2週間かかるところが、遅くとも1週間早くて3日で仕上がること。

いずれもお客さまにとってメリットのあることばかりで、これが当社が昇華転写捺染をお勧めする理由です。
短納期、凝ったデザイン等、ますます多様化するお客様のニーズにお応えできる昇華転写捺染は、今後ますます主流になっていくのは間違いありません。